Theo Reuters, loạt không kích kết hợp giữa Mỹ và Israel nhằm vào ba cơ sở hạt nhân trọng điểm của Iran gồm Fordow, Natanz và Isfahan đã tạo ra một cuộc truy lùng truy kích đầy phức tạp dành cho Cơ quan Năng lượng Nguyên tử Quốc tế (IAEA), bởi không rõ liệu trữ lượng urani đã tinh chế cao gần vũ khí (gần 60%) có bị tiêu hủy, chôn giấu hoặc đưa đi nơi khác hay không.
Mỹ tuyên bố ba cơ sở bị hoàn toàn phá hủy nhờ bom xuyên hầm 30.000 pound và tên lửa Tomahawk, nhưng IAEA nhận định không thể xác minh chính xác mức độ thiệt hại ở Fordow, nơi các máy ly tâm nằm sâu dưới lòng núi. Những hình ảnh vệ tinh chỉ cho thấy hư hại bên ngoài, còn vận số của urani ước tính lên tới 9 tấn (trong đó hơn 400 kg ở mức tinh chế cao) vẫn là câu hỏi khó giải.
Các quan chức phương Tây và giám sát IAEA lo ngại Tehran có thể đã bí mật di chuyển nguồn vật liệu này trước khi bị tấn công. Giám đốc IAEA Rafael Grossi cho biết Iran đã thông báo về các biện pháp bảo quản urani từ ngày 13/6, khiến nhiều chuyên gia nghi ngờ rằng phần lớn urani có thể đã rời khỏi Fordow trước khi bom nổ. Điều này đặt IAEA vào thế phải lùng sục lâu dài bằng cách thu thập mẫu môi trường, trinh sát những khu vực đổ nát và truy tìm dấu vết trong các tòa nhà hầm xuống.
Chuyên gia từng phụ trách giám sát Iran cho rằng việc truy tìm urani có thể là một trò chơi mèo vờn chuột bởi tài liệu và cơ sở vật chất có thể đã được xáo trộn, chôn dưới đống đổ nát hoặc di chuyển đến nơi khác, khiến công tác xác minh kéo dài và phức tạp.
Mặc dù Mỹ khẳng định đòn tấn công gây tổn hại lớn đến chương trình hạt nhân của Iran, nhưng Cộng đồng Tình báo Mỹ và một số Thượng nghị sĩ vẫn nghi ngờ rằng mức thiệt hại chỉ khiến chương trình bị chậm vài tháng chứ không bị dập tắt hoàn toàn. Giám đốc CIA khẳng định đòn đánh gây thiệt hại nặng nề, nhưng giới lập pháp nhấn mạnh cần giám sát thực tế từ IAEA.